Il Dipartimento di Chimica Bioorganica e Biofarmacia è stato costituito in data 1 Novembre 1998 e attivato in data 1 Gennaio 1999. Nella nuova struttura sono confluiti: il Dipartimento di Chimica Bioorganica, che è stato quindi disattivato, e la Sezione di Tecnologie Farmaceutiche/Biofarmacia del Dipartimento di Scienze Farmaceutiche. Dal 1° gennaio 2009 opera come sede distaccata del Dipartimento di Scienze Farmaceutiche e si articola nelle seguenti aree di ricerca:

- Chimica Organica e Bioorganica 

- Tecnologie Farmaceutiche/Biofarmacia

- Biologia Farmaceutica/Fitochimica

I gruppi di ricerca che operano in tale sede sono coinvolti in numerosi progetti di ricerca finanziati da Unione Europea (EU), MURST, CNR, industrie farmaceutiche, enti pubblici e privati.